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现今治理蓝藻的方法主要分为两类，即化学杀藻和生物抑藻，其中生物抑藻又分为以菌抑藻和以藻抑藻。
一、化学杀藻：化学杀藻又称药物杀藻是传统的治藻办法，原理就是向水体泼洒特定的药物 ，通过药物中的特定成分作用于藻细胞 ，使藻细胞失去活性而死亡。常用杀藻药物有硫酸铜、络合铜、漂白粉、二氧化氯、红霉素等。
化学杀藻的优缺点分析
优点：杀藻速度快、彻底。能很快让水体变清，蓝藻水华消失。
缺点或危害：
a、无选择性，蓝藻有益藻一起杀；
b、杀藻后水体因缺乏藻类易使水质比蓝藻时更恶化；
c、极易引起鱼虾缺氧。一方面藻类死亡分解需消耗大量溶氧，再是水体因缺藻而失去光合作用造氧的重要溶氧来源；
d、使水体物循与能流降低。
e、不能根本治蓝藻，药性消失，蓝藻复发。生物抑藻
二、以菌抑藻：以菌抑藻就是向蓝藻水体施放具极强活性的人工培育的菌剂，让菌在水中大量繁殖，通过与蓝细菌（蓝藻）竞夺营养与空间环境，或分泌抑菌（藻）物质等手段，从而抑制蓝藻的生长繁殖。用于抑藻的菌剂主要为芽孢杆菌类。
优点：是在菌类大量繁殖的同时，对水体有机物和无机有害化合物的分解转化也在进行，即净化水质。
以菌抑藻的缺点有：
a、无选择性，良藻害藻同抑；
b、抑藻菌剂多为好氧菌，施下后会大量消耗溶解氧，同时藻类死亡分解也要耗氧，加之缺乏造氧藻类，所以鱼虾有缺氧之虞。
c、抑藻力不强，只能在蓝藻轻微的水体使用，如果蓝藻严重，则基本无效。
d、不能根本治藻，等到抑藻菌剂衰弱时，蓝藻又会重新暴发。
三、以藻抑藻：以藻抑藻就是在蓝藻水体施放硅藻、隐藻等单胞藻类的特异性营养剂，使水体营养元素的结构改变利于单胞藻类的生长，从而使单胞藻类大量繁殖，在单胞藻类数量增长的同时，蓝藻数量逐渐减少，最终减少到一个不能暴发的种群范围。
